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これらの細菌のグループのメンバーは人間および動物の糞便に一般にあるので可能な下水の汚染の表示器として最も頻繁に使用されます。彼らが一般に有害自身ではないが、これらの細菌は赤痢、肝炎およびコレラ（EPA 1986年、1997年）のような他の病原性のある（病気もたらす）細菌、ウイルスの可能な存在を、およびprotozoans、示すかもしれません。その結果、流れの存在は健康を損う危険性を提起すると考慮されます。地上水への糞便の汚染のもとは排水処理の植物、現地の汚水処理タンク方式の、国内および野生動物の肥料および嵐の雨水を含んでいます。細菌のグループにさまざまな基準レベルがあります。健康のカリフォルニア部に従って、最高は、水接触のレクリエーション（DHS 2006年）のための単一の試水に基づいて、大腸菌細菌の水平にです10,000 MPN/100 ml受け入れました。30日間の期間ごとの5つまたはより多くのサンプルに基づいて水接触のレクリエーションのためのEPAの（1986年の） 7日間の幾何学的な平均のエシェリヒア属大腸菌の規準、指名浜の最大235 MPN/100 mlの126 MPN/100 mlはあります。浸る浜水のEnterococciの集中は61 MPN/100 ml （EPA 1986年）を超過するべきではないです。水質の規準のexceedanceの多数の水質の審査報告書の細菌の集中。利用できるデータはより低いレッドウッドの入り江の分水界（Stillwater 2005年、LendvayおよびBenning 2006年、HI EA 2009年）内の細菌の集中の上昇値を示します。調査の中で、細菌の汚染の根本資料が人間の腐敗性の源、安定した操作、化粧室設備および頻繁な人間の使用を含んでいることが受け入れられます。90年代半ばでは、NPSはより低いレッドウッドの入り江の分水界の集中的な水質の監視プログラムを実行しま、ゴールデン ゲート酪農場（Vore 1997年）で安定した操作および経営慣行に焦点を合わせます。1997-1998年の監視の間に、水はMuirの森、太平洋の方法、Muir浜、ゴールデン ゲート酪農場および緑の渓谷の入り江の糞便の大腸菌のためにテストされました。これらのテストでは、太平洋の方法、ゴールデン ゲート酪農場および大きい礁湖の下流のサンプルは実験室の検出限界を超過し、健康の標準を超過したがMuirの森の上流の場所の中央の糞便の大腸菌および緑の渓谷は糞便の大腸菌の汚染（Stillwater 2005年）を示す州の規準の内に、ありました。

LendvayおよびBenning （2006年）は400 colonies/100 mlの糞便の大腸菌のための州の最大限の下で2006の糞便の大腸菌の測定を報告しました。分水界の最も高い細菌計算はMuir浜、最も低いelevationalおよびそれ以上の下流の見本抽出の場所に記録されました。予想通り、Muir浜はまた高頻度のエシェリヒア属大腸菌のコロニー（27 MPN/100mLの± 15.70）を表わし、州の規準の限界を超過する最も高いenterococciは（117 MPN/100mL）数えます、（LendvayおよびBenning 2006年）。Stillwater科学（2005年）によって行なわれる2004-2005のNPSによって集められるデータの最近のフォローアップの分析は馬小屋および他の位置の現在の土地利用の練習がより低い分水界に余分な栄養素および細菌で起因し続けることを提案します。ロデオの120 MPN/100 ml （RWQCB 2009年、2010c）の入り江によって報告されるエシェリヒア属大腸菌の集中の単一の位置で夏の乾燥する季節の間に、行なわれる監視を圧倒して下さい。岬の協会EA （2009年）で報告された見本抽出の努力は100mLごとの240のそして900の糞便の大腸菌の単位の間で及ぶロデオの入り江の大腸菌計算を見つけました;地上水の目的を超過するかどれが。テネシー州の谷の入り江の泥地の監視はこの変数を含みませんでした。

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